Dostawa systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] na rzecz Instytutu Agrofizyki im. B. Dobrzańskiego PAN w Lublinie
Dostawa systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] na rzecz Instytutu Agrofizyki im. B. Dobrzańskiego PAN w Lublinie
1. Przedmiotem zamówienia jest dostawa systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] na rzecz Instytutu Agrofizyki im. B. Dobrzańskiego PAN w Lublinie. 2. Zakres zamówienia obejmuje dostawę na rzecz Zamawiającego: systemu do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiającego analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR]. 3. Szczegółowy opis przedmiotu zamówienia zawarty jest w Załączniku nr 1 do SWZ. ZESTAWIENIE MINIMALNYCH WYMAGANYCH PARAMETRÓW TECHNICZNYCH I UŻYTKOWYCH System do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiający analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] Lp. MINIMALNY PARAMETR WYMAGANY: WARUNEK: 1. System do sekwencjonowania kwasów nukleinowych w technologii długiego odczytu; umożliwiający analizę struktury i funkcji holobiontu roślinnego - akronim [SEKWENATOR] Warunek konieczny 2. Waga urządzenia nie większa niż 360 kg Warunek konieczny 3. Powierzchnia robocza zajmowana przez urządzenie nie większa niż 0,6 m2 Warunek konieczny 4. Wymiary urządzenia nie większe niż: wysokość 170 cm, szerokość 95 cm, głębokość 90 cm Warunek konieczny 5. Urządzenie wyposażone w wyświetlacz LCD umożliwiający interaktywną obsługę użytkownika oraz monitorowanie procesu sekwencjonowania; pełna funkcjonalność systemu dostępna poprzez laptop dostępowy wyspecyfikowany w punkcie 26, podpunkt d) Warunek konieczny 6. Urządzenie wyposażone w przestrzeń roboczą umożliwiającą automatyczną obsługę procesu sekwencjonowania, w tym manipulację płytkami (chipami) oraz reagentami w zamkniętym systemie, bez konieczności manualnej interwencji użytkownika Warunek konieczny 7. Urządzenie umożliwiające sekwencjonowanie pojedynczych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym Warunek konieczny 8. Urządzenie zapewniające możliwość uzyskania >5Gb danych oraz >370 000 odczytów z jednego czipu Warunek konieczny UWAGA! Kryterium oceny ofert 9. Sekwencjonowanie DNA przy użyciu trójfosforanów deoksyrybonukleotydów kowalencyjnie połączonych z odpowiednimi fluoroforami – fluorofory przyłączone do 5’ terminalnej reszty fosforanowej (fosforan w pozycji gamma) Warunek konieczny 10. Reakcja sekwencjonowania odbywa się w studzienkach reakcyjnych, w których immobilizowana jest pojedyncza cząsteczka rekombinowanej polimerazy DNA oraz matryca DNA/cDNA Warunek konieczny 11. Reakcje sekwencjonowania pojedynczych cząsteczek DNA w czasie rzeczywistym zachodzą w objętości należącej do rzędu wielkości zeptolitrów Warunek konieczny 12. Sekwencjonowanie genomowego DNA bez konieczności uprzedniej amplifikacji materiału biologicznego metodą reakcji łańcuchowej polimerazy – PCR Warunek konieczny 13. Urządzenie umożliwiające sekwencjonowanie pełnej długości transkryptów po wcześniejszej konwersji materiału RNA do komplementarnego DNA (cDNA) przy wykorzystaniu metody odwrotnej transkrypcji Warunek konieczny 14. Możliwość pozycjonowania modyfikacji epigenetycznej 5mC bez konieczności wcześniejszej konwersji przy użyciu dwusiarczanu sodu Warunek konieczny 15. Urządzenie umożliwiające uzyskanie pojedynczych odczytów sekwencji nukleotydowych cząsteczek DNA o średniej długości nie mniejszej niż 20 000 pz Warunek konieczny 16. Urządzenie umożliwiające uzyskiwanie odczytów sekwencji nukleotydowych o długości powyżej 80 kpz uwzględniając długość odczytu polimerazy Warunek konieczny 17. Informacje na temat sekwencji nukleotydowych pozyskane w reakcji sekwencjonowania umożliwiające analizę strukturalną genomu z uwzględnieniem: VNTR, duplikacji, duplikacji rozproszonych, translokacji, inwersji, insercji oraz polimorfizmu pojedynczych nukleotydów (ang. SNP). Warunek konieczny 18. Urządzenie pracujące w technologii umożliwiającej sekwencjonowanie oraz pozycjonowanie w genomie długich rejonów powtórzeniowych bogatych w trójnukleotyd CGG oraz rejonów bogatych w reszty AT Warunek konieczny 19. Urządzenie pracujące w technologii umożliwiającej sekwencjonowanie homopolimerów DNA i dającej informacje na temat ich długości – przykładowo charakterystyka długości ogonów poliA obecnych w transkryptach matrycowego RNA (mRNA) Warunek konieczny 20. Urządzenie dostarczone z odpowiednimi płytkami (chipami) umożliwiającymi jednoczesne sekwencjonowanie pojedynczych molekuł DNA/cDNA w czasie rzeczywistym, w dołkach reakcyjnych, w ilości 1 000 000 dołków reakcyjnych przypadających na płytkę Warunek konieczny 21. Urządzenie dostarczone z dedykowanym systemem UPS Warunek konieczny 22. Waga urządzenia UPS nie większa niż 60 kg Warunek konieczny 23. Wymiary urządzenia UPS nie większe niż: wysokość 75 cm, szerokość 20 cm, głębokość 60 cm Warunek konieczny 24. Urządzenie dostarczone z zestawem służącym do konstrukcji bibliotek DNA – cząsteczki DNA stanowiące matryce do reakcji sekwencjonowania mają formę kolistą dzięki zastosowaniu uniwersalnych adaptorów o strukturze typu „spinka do włosów” (ang. stem-loop structure) zawierające: a) Automatyczną stację do przygotowywania bibliotek DNA: a. wyposażoną w wymienne moduły, co najmniej: i. termocyklera ii. grzewczo-chłodzący iii. termowytrząsarki iv. statywu magnetycznego v. co najmniej jednego podajnika racków z tipami vi. ramienia transportującego płytki vii. wymiennych pipet – co najmniej jednej 96 kanałowej o zakresie objętości roboczych 5-1000 µl oraz co najmniej dwóch pipet 8 kanałowych o objętościach roboczych 1-50 µl i 5-1000 µl viii. zrzutu zużytych tipów ix. aluminiowych bloków do modułu grzewczo-chłodzącego o formatach: płytek 96 dołkowych, płytek typu deep-well oraz standardowych probówek typu Eppendorf o pojemnościach 1,5 i 2 ml b. umożliwiającą programowanie własnych protokołów reakcyjnych (...) cd. w polu 5.1.6 Informacje ogólne - Informacje dodatkowe
